Un comité paritaire est rattaché à chaque entente négociée entre la FMOQ et le MSSS. Le rôle de ces comités consiste à assurer le respect de l'Entente, mais également à étudier et à résoudre toute situation particulière qui en découle.
Le comité paritaire est chargé d’assurer, au nom du MSSS et de la FMOQ, la mise en œuvre et le suivi de l’Entente relative aux AMP. À cet égard, le Comité paritaire peut formuler aux parties négociantes toute recommandation qu’il jugerait utile de porter à leur attention. Il peut aussi intervenir dans diverses situations, et ce, dans la mesure prévue par l’entente particulière.
De plus, le Comité paritaire peut procéder à l’analyse d’un dossier qui lui a été soumis dans le cadre des AMP par un médecin. Le Comité paritaire demande un avis au DRMG de la région concernée et transmet ses conclusions au médecin, au DRMG et à la RAMQ.